Para la mayoría de los viajeros, la mejor época para ir a Cabo Pulmo es durante la estación seca, que va de octubre a junio. Los meses intermedios de octubre, noviembre, mayo y junio ofrecen el mejor equilibrio entre un clima agradable y menos aglomeraciones.Durante estos meses intermedios, las temperaturas del aire son cálidas, pero no excesivamente calurosas, oscilando típicamente entre los 25 °C y los 30 °C. La temperatura del agua también es muy atractiva, generalmente alrededor de los 26 °C, lo que la hace excelente para practicar snorkel y buceo. La vida marina es activa y la visibilidad bajo el agua suele ser excelente.La temporada alta, de diciembre a abril, ofrece un clima fantástico con temperaturas ligeramente más frescas, a menudo alrededor de los 20-25 °C, lo que es ideal para quienes prefieren evitar el calor intenso. Sin embargo, también es cuando Cabo Pulmo recibe la mayor cantidad de visitantes, por lo que el alojamiento y los precios de los tours pueden ser más altos, y es esencial reservar con antelación. Es una época excelente para el avistamiento de ballenas a lo largo de la costa.Los meses de verano, de julio a septiembre, son la temporada de lluvias, caracterizada por una mayor humedad y la ocasional tormenta tropical. Si bien la lluvia a menudo se presenta en ráfagas cortas y fuertes, puede afectar las condiciones de las carreteras, y algunos negocios podrían operar con horarios reducidos.
