La mejor época para visitar Isla Rubondo es durante las estaciones secas, que van de junio a agosto y luego de diciembre a febrero.
Estos períodos ofrecen el clima más agradable para explorar la isla. Encontrarás menos lluvia, menor humedad y cielos generalmente más despejados, lo que lo hace ideal para la observación de vida silvestre y actividades al aire libre como caminatas por el bosque o excursiones de pesca en el lago Victoria. También es más fácil avistar animales, ya que se congregan alrededor de las fuentes de agua.
Para aquellos interesados en la observación de aves, la temporada de aves migratorias de diciembre a febrero es particularmente gratificante. Durante este tiempo, la isla recibe una afluencia de diversas especies de aves, lo que se suma a la ya rica avifauna local.