La mejor época para visitar Cuyabeno es durante la estación seca, que va de octubre a marzo, o en los meses intermedios justo antes o después de este período.Durante la estación seca, los niveles de agua en las lagunas y ríos son más bajos, lo que facilita avistar la vida silvestre concentrada alrededor de las fuentes de agua restantes. También suele hacer más sol, lo cual es excelente para actividades como el piragüismo y las caminatas por la selva. Muchos viajeros encuentran la humedad reducida durante este período más cómoda.Para aquellos que buscan una experiencia ligeramente diferente, la estación húmeda, de abril a septiembre, ofrece niveles de agua más altos. Esto permite una exploración más extensa en canoa a través de bosques inundados, llegando a áreas que podrían ser inaccesibles durante la estación seca. Aunque llueve más, a menudo se presenta en ráfagas cortas e intensas, y la selva está en su estado más exuberante.