La mejor época para visitar Caballococha es durante la estación seca, que va de mayo a octubre.
Durante estos meses, el clima es más predecible con menos lluvias, lo que lo hace ideal para explorar el río Amazonas y sus afluentes. Los niveles del río son más bajos, lo que descubre más playas y facilita un poco la observación de la fauna, ya que los animales tienden a congregarse más cerca de la orilla del agua. Este período es excelente para los viajeros que desean aprovechar al máximo su tiempo disfrutando de actividades y excursiones al aire libre.
Para aquellos que planean visitar durante la temporada de aguas altas (de noviembre a abril), aunque hay más lluvia, los bosques inundados ofrecen una perspectiva única, permitiendo que los barcos naveguen por áreas que normalmente son inaccesibles. Esto puede ser una experiencia fascinante para aquellos interesados en un tipo diferente de exploración de la selva, con la oportunidad de ver la vida acuática más de cerca.