La historia de San Juancito está inextricablemente ligada la riqueza mineral de las montañas en las que se alza.
Antes de la llegada de los españoles, los descendientes del pueblo tolupan / jicaque de hoy explotaron, en pequeña escala, los minerales de la región. En el siglo XVI, los españoles hicieron un intento de corta duración para extraer mineral de las montañas de la zona. Utilizando a la población indígena como mano de obra, procedieron a extraer oro y plata de la ladera de la montaña; Sin embargo, después de unos años, la población indígena estaba tan devastada por enfermedades y condiciones de trabajo abismales que los españoles, sin una fuente confiable de mano de obra, empacaron y se trasladaron a otros sitios aparentemente más viables en Honduras.