El lloc on s'aixeca la Catacumba de Sant Sebastià era antigament una profunda depressió, utilitzada com a pedrera de puzzolana i anomenada ad catacumbas (o “prop de les cavitats”), nom que s'ha convertit en sinònim de cementiri subterrani.

Des del segle I, el jaciment ha estat intensament explotat i construït: les galeries subterrànies es van reutilitzar per obtenir nínxols funeraris, en superfície, però, es van construir diversos columbaris i almenys dos sistemes residencials (l'anomenat vil·la petita i vil·la gran). ) equipat amb notables decoracions pictòriques murals.

Cap a mitjan segle II, el fons de la vall va ser soterrat per crear un camp, a un costat del qual es van construir tres mausoleus consecutivament (de Clodi Hermes, dels Innocentiores, de l'Axe).

Es va fer un altre soterrament de la zona per donar espai a la construcció de la triclia, un pòrtic vorejat per un mur sobre el qual hi ha nombroses advocacions pintades adreçades als SS. Pere i Pau, que van ser venerats junts en aquest lloc cap al 250.

Al lloc, doncs, l'emperador Constantí (306-337) tenia una basílica en forma de circ romà (anomenada “circiforme”).

Mentrestant, ja al segle III, començava a desenvolupar-se sota terra la catacumba que albergava les tombes dels màrtirs Sebastià i Eutichio.