El lugar donde se alza la Catacumba de San Sebastiano era antiguamente una profunda depresión, utilizada como cantera de puzolana y llamada ad catacumbas (o “cerca de las cavidades”), nombre que se ha convertido en sinónimo de cementerio subterráneo.

Desde el siglo I, el yacimiento fue intensamente explotado y construido: las galerías subterráneas se reutilizaron para obtener nichos funerarios; en la superficie, en cambio, se construyeron varios columbarios y al menos dos sistemas residenciales (la llamada villa pequeña y la villa grande) dotados de notables decoraciones murales pictóricas.

Hacia mediados del siglo II, se enterró el fondo del valle para crear un terreno de juego, en uno de cuyos lados se construyeron sucesivamente tres mausoleos (de Clodio Hermes, de los Inocenciores, de los Ax).

Se realizó un nuevo enterramiento de la zona para dar espacio a la construcción de los triclia, un pórtico delimitado por un muro en el que aparecen numerosos grafitis con invocaciones dirigidas a los SS. Pedro y Pablo, que fueron venerados juntos en este lugar hacia el año 250.

En el lugar, pues, el emperador Constantino (306-337) hizo construir una basílica con forma de circo romano (llamada “circiforme”).

Mientras tanto, ya en el siglo III, la catacumba que albergaba las tumbas de los mártires Sebastián y Eutichio comenzó a desarrollarse bajo tierra.